一、形成的环境不同：黑土是温带半湿润草原化草甸植被下形成的黑色土壤;而黑钙土是温带半湿润大陆性气候草甸草原植被下形成的土壤。

二、形成过程有很大差异：黑土形成过程的主要特点是明显的生物累积过程和较强烈的水分储积过程。由于草甸植被生长茂盛，根系发达，在地上和地下都积累了大量的有机物，加之黑土地区暖季短，冷季长而严寒，土壤微生物活动的强度不大，大量有机物难以迅速分解，多转化为腐殖质在土壤中累积起来。黑土地区的暖季与雨季一致，使在风化过程中和有机质和有机质矿质化过程中释放出来的盐基遭到强烈的淋溶作用，可溶性盐类基本都从剖面中淋失，甚至少量的铁、锰、硅等元素也发生了淋溶淀积作用。而黑钙土形成的特点是具有钙化过程和类似于黑土的腐殖质累积过程。由于黑钙土地区雨量相对较少，降水只能淋失易溶性的氯、硫、钠、钾等盐类，而钙、镁等盐类只部分淋失，部分仍残留于土中并淀积在一定深度形成钙积层。

三、土壤结构不同：黑土有一个深厚的黑色腐殖质层，一般为70厘米左右;土壤结构良好，多为粒状及团块状结构，土层疏松多孔，质地适中。土壤有机质含量4—10%，是自然肥力很高的土壤。而黑钙土土体呈黑色、暗黑色或淡黑色;腐殖质层的厚度通常为30—80厘米;具有良好的粒状、团粒状结构;土壤有机质含量较高，一般在5—10%，之间。

四、实际利用也有差异：黑土大部分已开开垦为耕地，盛产大豆、麦类、高梁、马铃薯等。而黑钙土肥力较高，水、热、通气等条件都比较优越，是良好的宜农宜牧土壤类型。