土壤亚健康的成因：

1、土壤内源污染主要是由农民不合理耕种方式造成的，主要表现为用水方式不当、有机肥投入不足、化肥使用不平衡，造成耕地土壤退化、耕作层变浅，土壤保水保肥能力下降。这些不合理耕种方式造成的土壤污染约占土壤污染总量的90%。

2、人为因素，发生在农业生产过程中如不当使用农药等、以及其他人类活动中如工业污水流经的土地引起的土壤污染等;

3、自然因素，自然因素造成的土壤污染其因果关系和机理较为复杂，就中国农业用地的污染主要来自不当的农业种植方式如滥用农药、化肥等和工业污染所带来的土壤重金属含量超过国家和世界标准许可的范围。

食品安全直接关系到人类的健康，土壤健康又直接影响食品的安全。