(1)轮作可均衡利用土壤中的营养元素，把用地和养地结合起来。
(2)可以改变农田生态条件，改善土壤理化特性，增加生物多样性。
(3)免除和减少某些连作所特有的病虫草的危害。利用前茬作物根系分泌的灭菌素，可以抑制后茬作物上病害的发生，如甜菜、胡萝卜、洋葱、大蒜等根系分泌物可抑制马铃薯晚疫病发生，小麦根系的分泌物可以抑制茅草的生长。
(4)合理轮作换茬，因食物条件恶化和寄主的减少而使那些寄生性强、寄主植物种类单一及迁移能力小的病虫大量死亡。腐生性不强的病原物如马铃薯晚疫病菌等由于没有寄主植物而不能继续繁殖。
(5)轮作可以促进土壤中对病原物有拮抗作用的微生物的活动，从而抑制病原物的滋生。
