土壤矿物质转化(mineral transformation insoil)是指土壤中的矿质营养元素在生物和化学作用下的变化过程。除碳、氢、氧、氮以外，硫、磷、铁、锰、钾、钙、镁、钼、锌、硼、钴、铜等矿质元素也是动、植物细胞的重要成分。植物需要磷、钾的量较大，钙、镁、硫次之，铁、钼、锰、锌等属微量元素。

硫的转化

土壤一般含硫0.1～0.5%，有机硫约占总硫量的50～75%，存在于动物、植物、微生物残体及腐殖质中。硫及硫化物在土壤中不断被生物合成和分解，氧化和还原，构成硫的循环。土壤矿物质转化植物和微生物吸收硫酸盐并进而同化为含硫氨基酸、硫脂及其他有机硫化物。动、植物残体进入土壤后，有机含硫化合物被多种微生物分解。所有分解蛋白质及氨基酸的微生物(见氨化作用)在分解含硫氨基酸时，除释放氨外，在通气条件下，还能产生硫酸盐;在通气不良时，则可生成硫化氢或硫醇。还原性硫化物或单质硫经微生物氧化，形成硫酸盐。氧化硫的细菌使环境变酸，可增加其他元素的可溶性。土壤矿物质转化在厌氧条件下，脱硫弧菌等将硫酸盐还原为硫化氢。土壤矿物质转化硫化氢对有机体(包括植物)有毒害作用。

磷的转化

土壤中的磷存在于有机化合物及无机化合物中，总磷量为400～1200毫克/千克土,但植物能利用的可溶性磷酸盐不到总磷量的5%,所以农田中经常缺磷。无机磷进入土壤很容易被固结，形成难溶性钙盐或铁铅磷酸盐。解决土壤中缺乏可利用磷的关键性问题,微生物在促进难溶性磷酸盐溶解和有机磷迅速矿化方面能起积极作用。土壤中有很多微生物代谢产酸，可促进难溶性磷酸盐溶解，溶磷能力较强的有假单胞菌、分枝杆菌、微球菌、芽孢杆菌等属中的一些种和青霉、曲霉、镰刀菌等属真菌。这些微生物产多元有机酸(如柠檬酸)，可与钙、 镁、 铁等离子进行整合作用，增加难溶无机磷化物的溶解度。硝化细菌和硫氧化细菌产生的硝酸与硫酸，有利于岩石矿物中磷酸的释放。此外，溶解性较低的磷酸高铁盐在厌氧条件下还原成亚铁盐，而细菌作用产生的硫化氢与磷酸亚铁作用生成硫化铁，释放出磷酸。土壤中的有机磷化物主要有核酸、磷脂和植酸钙镁。大量腐生微生物能迅速分解核酸和磷脂,释放出磷酸。分解能力较强的有黑曲霉、巨大芽孢杆菌和某些假单胞菌。土壤中分离得到的微生物尽管有30～50%的菌株具分解植酸钙镁的能力，可能是因为它与粘土矿物结合在一起的原因而分解缓慢。

铁的转化

多种微生物能氧化亚铁化合物并从中取得能量，这些微生物分属不同类群，通称铁细菌，如氧化亚铁硫杆菌、纤发菌和泉发菌。在通气不良的土壤中，微生物分解有机质产生大量的还原性物质，降低氧化还原电位,间接地促进土壤中3价铁还原。动、植物残体的含铁有机质由微生物分解并将铁释放。锰在土壤中以2价(Mn)和4价(Mn)状态存在，还原态的2价锰可溶性，能被植物吸收利用，氧化态的4价锰不溶解。土壤中锰的转化决定于微生物、土壤酸度、氧和有机质的含量。许多微生物能氧化锰，在缺氧及酸性条件下，常有利于还原作用;在碱性条件下有利于氧化作用。所以植物缺锰常与碱性环境有关，在缺氧、有机质多时，还原作用过强，也可能造成植物锰中毒。钾大量存在于黑云母、白云母、正长石等矿物中,在微生物代谢作用影响下，可将钾从矿物中释放出来。钾也随动、植物残体进入土壤。