土壤生物污染会引起植物病害，造成农作物减产。一些植物致病菌污染土壤后能引起茄子、马铃薯和烟草等百余种植物的青枯病，能造成果树细菌性溃疡和根癌。某些真菌会引起大白菜、油菜和萝卜等一百多种蔬菜烂根，还可导致玉米、小麦和谷子等粮食作物的黑穗病。还有一些线虫可经土壤侵入植物根部并引起线虫病，甚至在土壤中传播植物病毒。

土壤中的各种病原微生物和寄生虫不仅可以通过食物链进入人体，使人感染发病，还可直接通过皮肤接触由土壤进入人体，危害人体健康。被病原体(包括细菌、放线菌、真菌)污染的土壤能传播伤寒、副伤寒、痢疾和病毒性肝炎等疾病。某些寄生虫卵在温暖潮湿的土壤中经过几天孵育处感染性幼虫，然后再通过皮肤接触进入人体，尤其是从伤口进入，从而导致继发性疾病。