(1)技术问题：坚持―风险可接受、技术可操作、经济可承受‖的原则进行技术选择，应尽量采用技术成熟度较高和具有可操作性的技术，既有利于保证修复的效果，又便于规范管理和工程化。

(2)协作问题：与污染场地的治理不同，农田土壤修复涉及的利益方更加复杂，不仅需要环保部门的严格监管，而且需要有关科研机构、专业公司的参与，以及地方政府及有关部门，特别是农民的积极参加和配合。农田土壤修复应尊重农民意愿，协调好修复技术单位、地方政府及有关部门、相关农户等各方面的关系。

(3)环境监管问题：实行第三方监理制度，进行全过程环境监管，土壤修复过程中产生的废水、废气和固体废物进行安全处理处置，防止二次污染。