能够分解纤维素的微生物很多。既有好氧性微生物，也有厌氧性微生物;既有细菌，也有放线菌和真菌。

好氧性纤维素分解细菌:食纤维菌属和生孢食纤维菌属是土壤中常见的好氧性纤维素分解细菌。多囊菌属、镰状纤维菌属与纤维弧菌属。

许多放线菌能够分解纤维素。土壤放线菌有 2.0%~4.4% 能分解纤维素，其中包括白色链霉菌、灰色链霉菌、红色链霉菌等。放线菌的纤维素分解能力较弱，不及细菌和真菌。

许多真菌具有很强的纤维素分解能力。其中主要有木霉、镰刀霉、青霉、曲霉、毛霉、葡萄孢霉等属的一些种。在森林的枯枝落叶中，占优势的纤维素分解菌是担子菌。在潮湿土壤中，真菌也是纤维素分解的优势菌群。

厌氧性纤维素分解微生物主要是芽孢梭菌属的一些种，如奥氏梭菌，另外还有一些与奥氏梭菌区别很小的嗜热性种，如热纤梭菌、溶解梭菌等。