土壤是地球三大圈层中岩石圈重要的一层，位于岩石圈表层，其最重要的成分可以说是粘土，是长期地质风化的产物，主要成分是铝硅酸盐。
粘土是微生物活性最高的场所，相比于大气和水体，土壤中微生物含量最高，他们为土壤演化提供了动力，例如N2在大气中是相当稳定的物质，人类通过工业合成的N仅占地球上合成的N的极小部分，而土壤圈层中固氮菌是地球固定N的主力军。另外土壤能够有效的含蓄水源，地球上除冰川外，淡水资源95%位于地下，其中3%以河流形式体现，2%位于粘土中，可见土壤在水循环中的意义。同时土壤还是地球上重要的污染物消化场所，其具有很强的阳离子交换性能，能够通过络合，氧化、吸附等一系列过程积累因人类开发而从岩石圈中释放出的重金属元素，是沉积物循环的重要层结。土壤中的微生物还能够降解人类生产生活中产生的大量污染物质，特别是有机物，甚至还可以在多种微生物的共代谢作用降解一些持久性污染物，保证人类生存环境的安全。
土壤的另一个重要功能就是含蓄有机质，即土壤肥力，土壤中的有机质是影响植物生长，微生物代谢的重要物质，当土壤有机质流失或者被破坏的情况下，植被的生长将严重受到抑制，影响农作物产量，这也就是古代一些地区实行轮耕制的重要原因，给予土壤适当恢复空间，而现在农业严重依赖化肥，导致土壤结构被破坏，造成了一些列生态问题如土壤板结，重金属超标等等。
