有的。　任何改良剂不合理的使用都会给土壤和作物带来危害。

如 粉煤灰在改善土壤水分物理性质，提高粘质土壤通气透水能力方面的重要作用，是与粉煤灰用量显著相关的，在考虑施用量的同时，应开展粉煤灰对土壤—地下水—作物的环境影响评价，考虑土壤的环境容量，确保不会出现二次污染问题。生长在粉煤灰改良土壤上的作物籽粒中重金属含量，应保证控制在食品卫生标准范围内。

石灰的施用量很重要，如果施用过多，往往会起到相反的作用。施用石灰前，必须进行土壤分析，施用石灰以后每隔二三年再进行分析、施用。

个别用户由于缺乏正确的技术指导，出现秸秆还田后难腐解，还田地块出苗率低，作物生长缓慢甚至减产现象。因此，秸秆还田技术的重点在于如何加快秸秆腐解的速率，较少负面影响，改良土壤性状，使秸秆还田达到最好的效果。秸秆还田技术关系着现代农业的未来与发展，具有广阔的发展前景。